I S I به نظر يك روزنامه كابل I S I حامى بزرگ تروريست ها اصلى ترين اتهامى كه گريبان گير اين سازمان است ، همواره همكارى و حمايت كامل از گروه هاى تروريستى عليه كشور هاى همسايه و مواضع امريكا و انگليس است . در گزارش افشا شده مربوط به جولاى 2006 وزارت دفاع انگليس ، I S I به عنوان حامىكامل گروهك هاى تندرو اسلامى شناخته شده بود . در جون 2008 ، مقامات افغانستان خبر از طرح ترور نافرجام عليه حامد كرزى - رييس جمهور وقت - توسط I S I دادند ، در جولاى همين سال مقامات هندى سازمان I S I را طراح اصلى بمب گذارى سفارت هند در اين كشور دانستند . در مى 2009 ، رابرت گيتس ( Robert Gates ) - وزير دفاع وقت - با حضور در برنامه 60 دقيقه‌ى شبكه CBS خبر از ارتباط قوى سازمان استخباراتى پاكستان با طالبان جهت نفوذ كامل اين كشور در افغانستان پس از ترك آن از سوى امريكا داد . در جولاى 2010 ، و يكى ليكس اسنادى از امريكا را فاش كرد كه طى آن ISI حامى اصلى گروهك هاى تروريستى عليه امريكا و نيرو هاى بين المللى در افغانستان شناخته شده بود . همچنين در آپريل 2011 ، مايكل مولين ( Michael Mullen ) رييس وقت ستاد مشترك ارتش امريكا ، به ارتباط سازمان استخباراتى پاكستان با فرقه تند رو به نام « حقانى » اشاره كرد . با انجام عمليات ترور بن لادن در مى 2011 ، عملا انگ رسوايى بر پيشاني ISI نشست . جامعه بين المللى اين سازمان را به همكارى با بن لادن و پنهان كارى متهم كرد . اين سازمان نيز در پاسخ ، اعلام كرد كه تا به حال در مسير همكارى